Образование получил в Санкт-Петербургском университете, где его главными наставниками были К.Я. Люгебиль и Ф.Ф. Соколов. Занимался изучением греческих рукописей, хранящихся в петербургских и московских собраниях, а также в Англии, Италии и скандинавских странах; изучал греческую эпиграфику и археологию в Греции. Получил степень магистра за диссертацию "Об основах текста Андокида, Исея, Динарха, Антифонта и Ликурга" (1879), степень доктора за диссертацию "Порфириевские отрывки из аттической комедии. Палеографические и филологические этюды" (1891). Главные труды Ернштедта посвящены изданию речей оратора Антифонта ("Antiphontis orationes", СПб., 1880), сочинений Кекавмена "Strategicon" (СПб., 1896, вместе с В.Г. Васильевским ), "Забытых греческих пословиц" (1893 и следующие, после смерти Ернштедта, изданы П.В. Никитиным его "Выдержки Паисия Лигарида из бесед патриарха Фотия" (СПб., 1906) и "Mich Andreopuli liber Syntipae" (СПб., 1912). Статьи Ернштедта по критике текста и толкованию различных греческих писателей и Светония и др. изданы его учениками в книге "Victoris Jernstedtopuscula" (СПб., 1907). Все работы Ернштедта по критике древних текстов отличаются удивительным мастерством; из совсем ничтожных остатков разрушенного текста он иногда воссоздавал чтения, носящие все признаки очевидной подлинности. Долголетние и веденные по строго обдуманному плану занятия греческими рукописями доставили ему славу выдающегося знатока греческой палеографии; Ернштедт положил у нас начало изучению греческих папирусов. Как университетский преподаватель, он не привлекал большой аудитории, но был незаменимым руководителем для специалистов в их занятиях памятниками греческой литературы и палеографии.

Основные труды: Victoris Jernstedtopuscula. - СПб., 1907.

Лит.: П.В. Никитин. Записки Академии наук. - 1902; Г.Ф. Церетели. Памяти В.К. Ернштедта. - СПБ. , 1903; БСЭ.